O metodo sugerido para a transformação de coordenadas, entre data de Portugal, de camadas de informação geográfica vectoriais ou raster é o plugin (desenvolvido pela NaturalGIS) "NTv2 Datum Transformations" para o software SIG Desktop QGIS.
http://plugins.qgis.org/plugins/ntv2_transformations/
No nosso site poderão também encontrar ferramentas web (links aqui em baixo) para o mesmo tipo de operação. Ver o rodapé da página de cada ferramenta para detalhes sobre o funcionamento da mesmsa.